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新疆生地所成立于1998年7月7日，由新疆生物土壤沙漠研究所（1961年成立）和新疆地理研究所（1965年成立）合并而成。新疆生地所面向国际干旱区生态与环境领域科技前沿，在干旱区生态学与干旱区地理学领域，围绕干旱区自然资源开发、生态修复、环境治理、生物多样性保育和区域可持续发展等重大问题开展研究和试验示范。研究所建有荒漠与绿洲生态国家重点实验室（干旱区生态安全与可持续发展重点实验室）、国家荒漠-绿洲生态建设工程技术研究中心、中国科学院新疆矿产资源研究中心、中国科学院中亚生态与环境研究中心等研究所内设研究单元。国内建有12个野外观测研究站（其中3个为国家站），在中亚、伊朗和蒙古国建有19个国际联合野外观测研究站。新疆生地所现设有地理学、生态学、地质资源与地质工程三个专业一级学科博士研究生培养点；有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学、地球探测与信息技术六个专业二级学科博士研究生培养点；有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、植物学、生态学、环境科学、地球探测与信息技术、资源与环境、生物与医药、水土保持与荒漠化防治十个专业硕士研究生培养点。
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